Sau năm 1975, Khôi Kỳ là một xã thuộc huyện Đại Từ.

Đến năm 2019, xã Khôi Kỳ được chia thành 20 xóm: Gò Thang, Phú Nghĩa, Chùa, Sơn Mè, Đồng Hoan, Bãi Pháo, Chòi, La Phác, Gò Miều, Cuốn Cờ, Cầu Cum, Hòa Bình, Gò Vai, Gốc Quéo, Đức Long, Đồng Cà, Gò Gia, Đồng Mè, Bãi Chè, Gò Lá.

Ngày 11 tháng 12 năm 2019, sáp nhập xóm Cầu Cum vào xóm Hòa Bình.[3]